Een boekenonderzoek is een controle van de aangiften en administratie van een ondernemer door de Belastingdienst. Het kan gaan om een onderzoek over een periode of om controle van bepaalde onderdelen van de aangiften en administratie. Een boekenonderzoek wordt altijd van tevoren aangekondigd door de Belastingdienst. Net als bij een bedrijfsbezoek wordt bij een boekenonderzoek een rapport opgemaakt en krijgt de ondernemer het openbare deel toegezonden.
